On-site sequencing diagnostische monsters niet eerder getest, maar veelbelovend

Het toenemende internationale transport van plantaardige producten en klimaatverandering zorgen voor problemen voor de Nederlandse tuinbouwsector door de verspreiding van ziekteverwekkers. In het PPS-project On site en Barcoding is daar onderzoek naar gedaan. Het project is inmiddels afgerond.

De ontwikkeling van snelle, nauwkeurige en gevoelige methoden voor identificatie en detectie van (plant)pathogenen die direct in de productieketen on-site kunnen worden toegepast, is essentieel.
Vroege detectie maakt tijdige actie mogelijk om verspreiding van de ziekte of vertraging en beperkingen in de export van plantgoed en zaden te voorkomen. Voor een groot aantal plantpathogenen zijn in het verleden veel detectiemethoden ontwikkeld. De uitdaging in dit voorstel was niet alleen het testen op locatie (on-site) voor deze organismen, maar ook het testen op meerdere organismen in één reactie. Ook is on-site sequencing van diagnostische monsters niet eerder getest in de tuinbouw, maar veelbelovend.

Werkpakketten
In dit project zijn de diverse activiteiten uitgevoerd in drie werkpakketten (WP1, WP2 en WP3). Bij moleculaire detectie in de productieketen spelen een aantal verschillende aspecten een belangrijke rol. Dit zijn: extractie van DNA en/of RNA, detectiemethode, analyse en gegevensinterpretatie. Voor een goede detectie moet met al deze aspecten rekening worden gehouden.

  • WP1: DNA/RNA-extractie. Uit verschillende geselecteerde substraten (zoals blad, stengel, water, lucht etc.) wordt op eenvoudige wijze DNA en RNA geëxtraheerd. Er zijn verschillende extractiebuffers uitgetest om zo snel en goedkoop mogelijk goed DNA of RNA uit het plantmateriaal te verkrijgen.
  • WP2: Ontwikkeling van een on-site multiplexmethode. Met behulp van eerder ontwikkelde LAMP-testen of die beschreven zijn in de literatuur. Deze zullen worden aangevuld met nieuw ontwikkelde testen.
  • WP3: On-site en barcodesequencing met behulp van de MinION (ONT). Amplicons worden gegenereerd uit geselecteerde barcode gebieden door middel van PCR amplificatie en vervolgens voorbereid voor sequencing in een MinION-systeem. Data-analyse laat dan zien welke pathogenen in het monster aanwezig zijn.

Jorrit Koeman

Glastuinbouw Nederland - © 2024